Dejando aparte los errores 25 y 2 que te muestra el comando umount -a y que, al parecer, no impiden el proceso de desmontaje (si siguiera montada la partición del disco no funcionaría el siguiente comando chkntfs -f y a ti sí que te funciona), lo primero que hay que decir es que no hay contradicción entre el resultado del Scandisk y el de chkntfs ya que ambos te indican que la partición está correcta.
El Unknown error 2 que te aparece cuando ejecutas rm /usr/local/etc/mig/genreList.txt lo más probable es que únicamente te esté indicando que no existe el fichero genreList.txt y, por lo tanto, es imposible borrarlo. Puedes comprobarlo con ls -l /usr/local/etc/mig/genreList.txt. Si se confirma que no existe, entonces puedes continuar con el proceso de instalación del parche tranquilamente.
Las particiones son las correctas. Normalmente se crean cuando formateas el disco desde el propio reproductor. Eso sí, deberías tener presente que en el último firmware (creo) no funciona dicha opción, así que dependiendo de qué firmware tengas actualmente quizá tengas que volver a uno anterior, formatear y regresar al actual. Cosa que considero INNECESARIA porque los errores que indicas CASI SEGURO que son normales y no tienen nada que ver con un firmware defectuoso.
Saludos.