Buenas noticias
Efectivamente era el formato de la partición. En "ext3" va de escándalo, no se ha vuelto a colgar con FTP pesados. Lo primero que hice fue quitar la partición NTFS con el Setup del cubo, y dejar solamente la FAT32. Luego con GParted la pasé a ext3, y voilà!
Se lo recomiendo a todo el mundo. A todo el mundo que sepa lo que hace, claro.
Saludos!