Hola
Las señales en codificadas en PCM o en los nuevos codecs de alta definicón traen el canal LFE grabado a muy poco nivel. De ahí que el ampli te de esas opciones. Estas señales solo se pueden escuchar vía HDMI ya que las salidas dogotales SPDIF no tienen ancho de banda suficiente (solo PCM estéreo y audios DD/DTS convencionales) De igual forma, estas pistas las tienes en soporte
BD solamente. Haz pruebas y decide que es lo que más te gusta.
El tema del filtro paso bajo no sabría decirte (¿que ampli es?) Lo mejor, en configuraciones para cine en casa es que sea el ampli quien realice el corte de frecuencias entre el sub y las cajas principales. Así, todos los amplis tienen un filtro paso bajo incorporado seleccionable entre frecuencias de 40,60,80,100,120 Hz etc dependiendo del ampli. Los más avanzados permiten seleccionar estas frecuencias de manera independiente para cada canal. Al sub tienes que dejarle que reproduzca todas las frecuencias que le lleguen ya previamente cortadas por el ampli
Lo ideal, para comenzar: Todos los altavoces configurados como "small", con subwoofer presente y frecuencia de corte (CrossOver o ese filtro paso bajo que hablas) configurado a 80 Hz. En el sub, si tienes una rueda con frecuencias, pues la pones al máximo (o en posición LFE) y ajustas el volumen del sub a tu gusto.
Un saludo