La historia no creo que sea que no le pase a nadie, sino que es posible que no se pueda hacer o nadie conozca un programa que hace eso.

Yo por ejemplo no conozco ningún programa que haga lo que tu dices. Lo que si utilizo es un programita, Multires, con el que se me queda guardada la frecuencia de refresco que yo quiera para cada resolución. Como 1920x1080 sólo la utilizo para ver pelis, la tengo en 72Hz y cambio a esa resolución manualmente cada vez que quiero ver una peli, cosa que además es muy fácil con este programa porque tienes un icono en la barra de tareas y se cambia en un instante, mucho más rápido que desde el panel de control de Windows.

Echale un vistazo, lo mismo te vale
http://www.entechtaiwan.com/util/multires.shtm

También es posible que, dentro de la configuración avanzada de Nvidia o de ATI, puedas seleccionar unos ajustes de pantalla en concreto cada vez que ejecutes un programa determinado. No es exactamente lo mismo que hacer el cambio al ejecutar un vídeo pero podría servirte igual, aunque tendrías que hacerlo con todos los programas que utilices para reproducir vídeo. Míratelo por si acaso, porque no recuerdo si se puede hacer o no.