Es un tema complejo, puesto que no son HDD equiparables.

Si el HDD va a ser como principal del equipo, queriendo hacer RAID 1 para mirroring de los datos, quédate con el Seagate. (Da algo más de rendimiento).
Si vas a emplearlo como simple manera de salvaguardar datos de discos secundarios, de cabeza a por el WD.

Eso sí, como Marca, no tengas ninguna duda que WD está a años luz del binomio Seagate/Maxtor, los cuales hace ya bastantes años que han mermado su calidad de manera alarmante. Todavía conservo discos que no llegan al Gb por ahí funcionando con pequeñas distros, cosa impensable con los muchos HDD actuales irrecuperables que pueblan mis estanterías.