Puede que alguno de los pendrives que metas te toque los drivers sin no ha sido el windows Update (cosa que ha pasado más de una vez, y según estoy viendo por ahí, no siempre es fácil identificar la actualización que provoca el fallo) Prueba lo siguiente:

Métete en el administrador de dispositivos (botón derecho sobre Mi Pc, propiedades, pestaña hardware), busca en la lista controladores el de bus serie universal (USB), despliégalo y ahí verás los puertos USB. Dales con el botón derecho, propiedades y en la pestaña controlador, dale a volver a controlador anterior. A ver si así consigue volver a la configuración con la que funcionaba.

Saludos