En efecto en alguna ocasión me ha sucedido algo similar, una eternidad en ponerse en funcionamiento el sistema, y fue por uno de los discos que estaba estropeado. Retirándolo y a funcionar todo a la perfección.
No obstante baja el programa Cristal Disk Info para que te escanee los discos para comprobar si estos están en correcto funcionamiento o de lo contrario alguno muestre el error, sabiendo ya por tu parte cual retirar.
https://crystalmark.info/en/software/crystaldiskinfo/
Un saludo.