Yo no tengo el 6000, tengo el 5000, y cuando cambio de modo normal, cine1, cine2, etc, no pierdo enfoque, se queda igual.
Para el el 3D uso el modo normal, y pongo en una opción del proyector que lleva las gafas en "Luz" creo recordar.
En cuanto a calibrar y sacar mas rendimiento del proyector, ya deberías hacer una calibración con sonda. No es algo que se haga en un momento y debes de tener nociones. Lo mas recomendable es que alguien que entienda sobre el tema te la haga, o te prepares a pasar la tira de horas aprendiendo para calibrarlo tu.
Un saludo.