Yo creo que la consideración de principal o secundario lo marca la productora, cuando empieza a hacer campaña por sus películas.
Por ejemplo Winslet iba como secundaria para los Globos de oro con El lector, pero para los Oscar fue como principal, algo que yo vi lógico (aunque más de uno dijo que así se le allanaba el Oscar a Penélope Cruz). Yo creo que estaba bien que fuera por principal porque, igual que el Lecter de Hopkins, es un personaje que marca todo el film.
Respecto a Boyhood yo creo que está bien definido el papel de Arquette como secundario, como bien se ha dicho, el principal es el papel del chico.
Saludos