Me parece un meme, la verdad.
Los propios japoneses han usado y abusado de la figura del shinobi sin mostrar demasiado respeto (ninguno, en realidad) por la fidelidad histórica. Eso sin contar las bofetadas de Capcom a todos los estereotipos internacionales habidos y por haber (no sólo los españoles, que también).
Por otro lado la figura de Yasuke ya ha sido utilizada en varios juegos japoneses de una manera muy similar a la que aparece en Shadows y nuca vi a nadie quejarse mucho.
Si los propios japoneses no muestran respeto por su propia cultura no veo porqué tendría que tenerlo Ubisoft, francamente.