por supuesto....
necesitas un programa llamado mkvmarge.
es realmente rapido y simple, abres el programa, seleccionas el archivo, te mostrará todo el contenido del mkv (video-audio1-audio2-subtitulos) en forma de arbol.
deselecionas el audio ingles y le das a Start muxing , entonces te creará un nuevo archivo con video1-audio1-subtitulos.