Los mkvs que se oyen pero no se ven es debido a que han sido creados con versiones del mkvmerge posteriores a la 4.0, el fallo viene porque estas ultimas versiones incorporan compresión de archivos, se puede desactivar pero por defecto la compresión está habilitada y de hay el problema si el que crea el mkv no la desactiva.
Habria que mirar si con el mismo mkvmerge u otro programa se puede deshacer esta compresión.