4 2000 en adelante:
-Vampire Hunter D: bloodlust
-Millennium actress
-Metropolis
-El viaje de Chihiro
-Cowboy Bebop: la pelicula
-FLCL (aunque no sé si considerarlo miniserie).
-Haru en el reino de los gatos
-Tokio Godfathers
-Ghost in the shell 2: Innocence
-Mind game
-El lugar que nos prometimos
-El castillo ambulante
-Deddo Ribusu
-La chica que saltaba a través del tiempo
-Paprika
-Tekkonkinkreet
-5 cm por segundo
-El bosque del piano
-Evangelion 1.11
-El samurai sin nombre
-El verano de Coo
-Ponyo en el acantilado
-Ghost in the shell 2.0
-Evangelion 2.0
-Summer wars
-Redline
-Arriety y el mundo de los diminutos
-Colorful
-Eve no jikan
-La colina de las amapolas
-Tatsumi
-Una carta para Momo
-Los niños lobo
-Berserk. La edad de oro I, II y III
-Viaje a Agartha
-El viento se levanta
-El cuento de la princesa Kaguya
-Patema y el mundo inverso
-El recuerdo de Marnie
-El niño y la bestia
-La isla de Giovani
-El himno del corazón
-Your name
Si buscas reducir la lista a las esenciales te las puedo marcar en negrita, pero yo diría que todas las canónicas están ahí (junto con precursores y cosas más underground que me parecen estimables por lo que sea). Por supuesto, hay muchas elecciones discutibles y me habré dejado películas que encajarían en una lista tan amplia, pero como digo, si lo que quieres es un top puedes indagar a partir de ahí y seleccionar lo que se adapte a tus intereses.