En realidad es parecido, porque al final tu tienes un documento que suele ser una página A4 y como lo ves en una pantalla pequeña, pues tienes que aplicar zoom, y manejar el zoom en el kindle es algo engorroso...
El kindle sirve para leer PDFs de forma ocasional, pero si vas a leer muchos PDFs te conviene más una tablet de 10 pulgadas...
O si sólo son texto, convertir el PDF a texto y luego a MOBI con Calibre, ahí no hay ningún problema...