Estoy haciendo mis primeras pruebas con MKV's y a mi me pasa lo mismo: ese video de Samsung se ve rosa/verde pixelado en las zonas de movimiento. Yo estoy conectado por componentes. También hay que decir que reproduciendo ese mismo video en el PC con el reproductor VLC también va fatal (los movimientos se ven pixelados y distorsionados).
Sin embargo, he probado algunas de las demos de aquí:
http://forums.plexapp.com/index.php?showtopic=3029 que también son 1080p y se ven bien en el EMTEC.
Respecto al tema de las grabaciones, yo finalmente he tenido que configurar la hora a "Manual" y ahora no tengo problemas al programar grabaciones. Eso sí, en las grabaciones periódicas sigue pasando lo de que se queda en Pausa después de la primera. Supongo que habrá que esperar al siguiente firmware.