Creo que no es que viajen en el tiempo como les de la gana, sino que las puertas les sirven para viajar una cantidad específica de tiempo hacia el pasado. Es decir, como la Armada zarpó de Lisboa en mayo de 1588, aquella puerta les sirve para ir 426 años y 10 meses hacia el pasado.
(Lo que resuelve el problema de como se elige cual es el Ministerio que va a cuidar del problema, ya que el agente en el local envía el mensaje por la puerta y le llega al Ministerio que está 426 años y 10 meses en el futuro...)
Claro, eso significa que lo de la puerta que siempre lleva al día del partido del Atlético fue un patinazo, pero bueno, algún que otro patinazo se puede perdonar...