Que el 3D de una película te haga daño a la vista y la de otra no, es algo difícil de entender, la verdad.
La verdad es que no entiendo muy bien a qué te refieres cuando hablas de daño en la vista, pero si te refieres a que una sí que se ve correctamente en 3D y la otra no se ve correctamente en 3D, en ese caso es un problema de configuración que por otra parte no tendrías sí utilizaras BDs originales, ya que yo tengo tu mismo proyector y con BDs originales no he tenido todavía el más mínimo problema, y he visto las que mencionas y muchos títulos más.
Sobre la configuración de media centers para ver películas piratas en Side by Side no puedo asesorarte porque yo de momento sólo he utilizado material original.