Existen notables diferencias y omisiones entre la historia del libro DUNE y la 2º parte de la película:
1º. Si bien el personaje de Jessica en la 1º película no se correspondía al personaje del libro ya que en la película se vio una Jessica demasiado emotiva lo cual no se corresponde con una Bene Gesserit que es justamente todo lo contrario por el control total de sus emociones. En la 2º película, se le ha dado un cambio radical al personaje, dándole un toque maquiavélico que además no se corresponde con el libro. Jessica no busca intencionadamente la Jihad. Es cierto que usa a su beneficio el camino abierto por los Bene Gesserit en la manipulación del pueblo fremen para sobrevivir, no como arma política.
2º El personaje de Alia, que en la segunda parte del libro es una niña, de unos cuantos años de edad cuando sucede la batalla final, aquí no ha nacido todavía.
3º La omisión a la CHOAM y a la Cofradía. Es como si se hubiese olvidado de su existencia y de la importancia de la misma en los acontecimientos.
4º El poder del emperador descansa en que sus soldados, los Sardaukar, son los mejores soldados del imperio y los que garantizan la primacía del emperador sobre el resto de las casas nobles. Los Atreides estaban acercando su nivel a los Sardaukar por la introducción de las técnicas de combate Bene Gesserir (que es precisamente lo que permite que Paul Y Jessica se queden con los fremen tras el asalto de los Harkonnen), y ese miedo del emperador de perder esa primacía militar es lo que le lleva a juntarse con los Harkonnen para destruir a los Atreides. En el libro te exponen que Dune por sus condiciones de extremas puede dar lugar a soldados de alto nivel, y que con el entrenamiento de las técnicas de combate de las Bene conseguir los mejores soldados de la galaxia. En la película todo eso desaparece, no se explica la superioridad ni el entrenamiento de Paul a los Fremen de esas técnicas de lucha.
5º En el libro Paul no acepta nunca provocar la Jihad. En la parte final abraza eso.
6º Chani no se opone a la guerra, han matado a su primer hijo. En la película se omite el nacimiento del primer hijo y se le da a Chani un papel que no está en el libro. Mucho menos en la escena final en la que se muestra disconforme con el tema de Irulam, eso es algo que Chani sabe y acepta. No es un matrimonio en crisis antes de la última batalla, y por supuesto, no es una guerrera de 1º linea en la batalla final.
7º La puerta abierta de una tercera parte por una guerra contra las demás casas nobles no es tal en el libro, ya que Paul le ordena a la Cofradía que todos los ejércitos de las casas nobles salgan de DUNE bajo amenaza de destruir toda la especia. Y esa amenaza es lo que fundamenta el ascenso al poder de Paul, el control de la especie y la amenaza de su destrucción.
hay más diferencias, pero creo que estás son las que más se me vienen a la cabeza.