La caja para mi gusto es de lo mejor, por calidad, diseño y amplitud. No tendrás problemas de refrigeración con la gráfica pasiva.., incluso yo probaria a anular uno de los dos ventiladores que incorpora a ver que tal. Los ventiladores de Silverstone no son de los más silencionsos.., te lo digo por experiencia propia, ya que también tengo una caja de esta marca. En mi caso, el único que traia lo tengo anulado, ya que la caja está situada en una zona "despejada", y sin ventiladores mantengo buenas temperaturas.
No sé si conoces esta review de la caja, está bastante bien:
http://www.kubycsystem.com/cajas-y-e...la-lc-16m.html

Sin gráfica integrada tienes por ejemplo las placas que montan el chip 770 de AMD, y son algo más baratas que las 780G.
En mi opinión no hay diferencias importantes que aconsejen ir a una placa MA79 dada la diferencia de precio. En el caso de los chipsets con gráfica integrada, la diferencia de precio entre una placa 790GX y una 780G es de unos 60€.., y la diferencia de rendimiento entre una HD3300 y una HD3200 es mínima.

Como te comenté al principio, en esa caja yo me iria de cabeza por la gráfica pasiva.

Saludos.