Hola Sedruol,

Si clonas un disco duro no se clonan los sectores dañados, quizás si estos son inaccesibles si que te de el follón a la hora de acceder a ellos y eviten que puedas realizar la imagen del disco duro, pero hasta que no pruebes no lo sabrás.

De todos modos no se el tiempo que tienes el equipo con el Windows instalado, porque quizás si es mucho es mas interesante que clonarlo, directamente realizar una instalación nueva, con codecs, etc., mas actual y librarse de basura, errores, etc., que haya podido llevarse ese sistema operativo en uso.

Saludos. Atheneo