El Doctor no es ningún híbrido, eso para empezar, ya se han encargado en todo este tiempo en la serie de borrar sin rastro aquella absurda idea de que el Doctor era medio humano que se inventaron para la película con el Octavo.
Lo que dice el Doctor al final del capítulo es "The Hybrid destined to conquer Gallifrey and stand in its ruins is Me".
Me, mayúscula. Nombre propio. Es decir, se refiere a Ashildr, que se ha pasado la temporada dejando claro que se ha cambiado el nombre a "Me" y ha quedado muy establecido que es un híbrido.
Lo único que es el final de la temporada es una manera de sacar de quicio a los menos atentos, pero el Doctor no es ningún híbrido.
Y por el otro lado, Gallifrey no es que esté en una burbuja, es que ese siempre ha sido el aspecto de Arcadia.

Esta imagen no sé si es de The Name of the Doctor o del 50 aniversario pero vamos, que la ciudad siempre se ha visto rodeada por una gran esfera de cristal (aunque en esta última está rota por pertenecer al período de la guerra del tiempo).