Durante el episodio, Gallifrey está en plena Guerra del Tiempo. El planeta está a punto de ser destruido (tal y como ha repetido tantas veces el Doctor, y como dice Rassilon).
El Doctor sabe que Gallifrey desapareció en la Guerra, pero él no estaba en el planeta en ese momento (si no, habría muerto con el resto de los Señores del Tiempo y no habríamos conocido a Tennant

). Es decir: él sabe el resultado, pero no los detalles. Que los Señores del Tiempo hiciesen un último intento antes de desaparecer le pilla por sopresa porque no afecta directamente a su línea temporal. El Doctor del pasado no podía saber que su versión del futuro estaba implicada en el suceso (de igual forma que el Doctor no tiene idea de quién es River Song).
El Doctor dice en "The End of Time" que Gallifrey está en una especie de burbuja temporal. Es decir, todos los sucesos del episodio son una especie de "kit-kat". El resultado final va a ser el mismo que el Doctor conoce: Gallifrey cae. Pero en esta ocasión, sabemos exactamente cómo.
Una antigua profecía advirtió a los Señores del Tiempo de que Gallifrey sería destruido. Y hace más de 800 años tomaron medidas para intentar evitarlo: insertaron un código en la mente de The Master, una especie de enlace espacio-temporal para escapar antes de que el planeta fuese destruido durante la Guerra. El problema es que este código provocó que The Master se volviese loco...
Cuando establecen de nuevo contacto con él, todo el planeta se traslada hasta donde está The Master (la Tierra, tal y como decía la profecía). Cuando el Doctor corta la conexión, Gallifrey vuelve al momento en el que estaban: a punto de perecer en la Guerra del Tiempo. De ahí lo que dice el Doctor: "¡Vuelve a la Guerra del Tiempo, Rassilon! ¡Vuelve al infierno!".
La línea temporal se restablece y Gallifrey es destruido en la Guerra del Tiempo, tal y como el Doctor nos ha dicho. Más o menos, esto es lo que se cuenta en este episodio, no en la serie clásica.
¿Qué pasa con The Master? Pues como él era el nexo con Gallifrey, es posible que fuese arrastrado con los otros Señores del Tiempo, y haya muerto. O quizá no. Dependerá de si Moffat quiere recuperar al personaje, aunque ya ha comentado que no está interesado en los malos "clásicos" y prefiere desarrollar su propio universo (River Song, los ángeles llorones, etc.).