Yo el Audyssey XT32 lo conozco de mi equipo y 2 más (uno de ellos en otra sala con el mismo modelo de Denon que tengo) así que lo que yo hable no puedo extrapolarlo al 100% a todos los casos. Eso quiero dejarlo claro.
Dicho esto, si tras pasar Audyssey (o cualquier otro calibrador más o menos avanzado) el sistema "decide" dejarte los altavoces en "large", es que así es como mejor consigue la mejor respuesta frecuencial y temporal en tu sala para el punto/zona de escucha jugando con la respuesta de los altavoces+sub. El hecho de que los deje así, no significa que el subwoofer se infrautilice (como cree mucha gente). Yo he tenido altavoces dónde Audyssey (multiEQ XT de un modelo anterior) me los dejaba los 5 en "Large" y ahora en cambio me los deja en "Small" con cortes de 40 Hz para los frontales y surround y 60 Hz para el central
Y como he comentado antes, que luego cada uno ajuste lo que quiera, que para gustos, los colores. Yo tengo la suerte de que en mi sala, y con mis cajas, Audyssey hace un trabajo fantástico (el mejor multicanal oído hasta la fecha en mi sala) y lo único que hago es subir los potes del volumen de los subwoofers una muesca (que corresponden a 2-3 dB). Después activo Dynamic EQ porque a bajos volúmenes la curva en "V" progresiva que aplica me gusta más. No hago nada más.
Un saludo