El sub deberías ponerlo en la frecuencia mas alta y dejar que sea el AV el que haga el corte a la frecuencia adecuada. La frecuencia de corte del sub, la lleva para utilizar cuando lo conectamos a un amplificador sin esos ajustes. Como un estéreo.

Cuando colocas las cajas como small, el AV automáticamente hará el corte y enviara los graves de esas cajas al sub.

Si las cajas están en large, efectivamente el sub solamente reproduce el canal LFE. Por lo que en estéreo no hará nada.
En tu caso lo mas conveniente seria todas en small.