Respecto a si calibrar con el contraste a -2, -4, -6 ... Yo comenzaría con -2 ya que es como más luminosidad consigues, pero si luego ves que cuando estás haciendo el ajuste de blancos te quedas sin rango de ajuste para poder llevar los patrones al equilibrio entre R, G y B, o que la gamma te queda hecha unos zorros, prueba a bajar un poco el contraste y volver a ajustar.

En cuanto a lo que te ocurre en la gamma si pones a 0 el valor del IRE0, puede ser por haber elegido la opción de "black compensation", tanto con esa opción como con la BT.1886, el valor del IRE0 se tiene en cuenta para calcular la gamma de referencia, con el objetivo de no aplastar los negros, y por lo tanto cambiar ese valor después de la medición podría causarle confusión. Pero no creo que debiera afectar a la gamma medida, sin embargo. De todos modos, como parece que tampoco vas a dar conseguido una medición válida para el nivel de negro, es indiferente que elijas una gamma de referencia absoluta o con compensación del nivel de negro, así que elegiría una absoluta, para mantener las cosas lo más simples posible.

Después, para saber si la representación correcta de la gamma la obtienes dejando el -9999 o cambiándolo a 0 (también puedes probar a poner 0.001, a ver qué sucede), puedes usar la fórmula que relaciona la gamma con la luminosidad (Y) para cada IRE, que es:

Y(IRE10) = 0,1gamma(IRE10) * Y(IRE100)
Y(IRE20) = 0,2gamma(IRE20) * Y(IRE100)
Y(IRE30) = 0,3gamma(IRE30) * Y(IRE100)
....

Luego coges un punto en el que la gamma difiera mucho entre ambas gráficas, por ejemplo el IRE30 (2,12 en una y 2,5 en la otra, aprox) y haces los cálculos. La que coincida o más se acerque al Y(IRE30) que has medido (2,558 cd/m²) es la correcta. Ya puestos, acabo de calcularlo y la gamma que calculaste originalmente (con el -9999) es la correcta ;)

Saludos.