No llores hombre..... Yo reproduzco cada dia MKV's de todo tipo y tamaño en este reproductor. Lo he comentado varias veces, lo que hago es partirlos con el mkvmerge en trozos de 4GB, se reproducen como si fueran capitulos, no tienes que preocuparte para pasar de un "trozo" al siguiente.
Así que cada vez que paso una peli al hdd que uso en el reproductor la paso por el mkvmerge y listos (va rápido). De paso le quito los audios o subtitulos que no me interesan. No es tanto coñazo.
Estoy pensando que podía hacer un mini-howto, porque veo que esto preocupa a bastante gente...
Saludos.