El 99% preferimos que estén separados por formato, obviamente. Y más cuando el espacio que ocupan es exactamente el mismo. El volumen físico es idéntico: sólo hay que separarlos como toca y punto. Complicación no tiene ninguna y requiere el conocimiento mínimo. Otra cosa es que se la rote a los que se ocupan de esas secciones o no tengan ganas de hacerlo... o no sepan, que tampoco me extrañaría. Si busco tomates, me parece ridículo tener que rebuscar en un cajón en que están mezclados tomates con patatas. En el mismo cajón se pueden hacer dos apartados: uno para tomates y otro para patatas. Simple a más no poder.
Ya me parece penoso en los buscadores de internet tener que lidiar conjuntamente cuando buscas una película entre BD y DVD sin opción de poder hacer una criba entre formatos, como para que no toque las narices hacerlo en tienda y tirarte tres horas lidiando entre mil estuches de otro formato que no te interesan lo más mínimo...
La pregunta lógica es: ¿prefiero que estén las cosas organizadas y fáciles de buscar/encontrar cuando estoy en un comercio? Evidentemente. Si caben conjuntamente y mezclados a su libre albedrío los BDs y los DVDs es que cabrían separados. De Perogrullo, vamos. Que la mayoría de comercios no saben ni lo que venden y que lo ponen todo junto a piñón, también.