Vamos a ver, esa explicación que te han dado no es para lo que tú querías, es para que, si has hecho varios pedidos independientes, puedas juntarlos en uno solo.
En el caso de envío gratuito no tiene sentido, pero si pagaras un envío por cada pedido, al agruparlos en uno solo, te ahorrarías los gastos correspondientes al segundo pedido.
Lo que tú comentas, como decía Jose_Ignacio, no se puede hacer al proceder de distintos almacenes.