efectivamente tendrías que formatear el disco duro a FAT 32, la única consecuencia sería que no podrías meter archivos que superen los 4 gb sin no me equivoco.
Hay un detalle peculiar sobre el meter una copia de seguridad de la ps3 en un disco duro de FAT 32, evidentemente una copia de seguridad supera con creces esos 4 gb. Pues lo que hace la ps3 es, según va creándote la copia en el disco duro externo te va dividiendo la copia en varios trozos para que no supere los 4 gb.