El principio es totalmente distinto, con un Jake en la Tierra en un planeta contaminado donde la gente lleva máscaras. Hay una primera escena en su apartamento, pequeño, una celda, donde tiene problemas para cambiarse, se ven sus piernas débiles. Hay una segunda escena en un bar donde Jake está viendo un partido de fútbol y se queja de lo que él no puede hacer, un hombre agrede a una mujer y él se enfrenta a ese hombre, los sacan al callejón se pelean y llegan los hombres que le informan de la muerte de su hermano. Desde la escena del ataud de Tommy pasan al ataud metálico del viaje en el espacio.
Cuando llegan a Pandora hay una escena cerca de la valla de seguridad, hay torretas armadas servocontroladas, están siendo asediados, una especie de murciélago se acerca a la valla y es derribado a tiros.
Antes de acostarse por primera vez como Avatar hay una escena de Quaritch protegiendo a una máquina que está destruyendo la selva,un bulldozer como la que vemos después, sale por primera vez un Banshee de la selva, más pequeño que los que vemos después, Miles dispara varias veces hasta abatirlo, y una vez en el suelo lo remata, enseña a los nuevos lo que es, lo explica, y que si lo ven que disparen, que si se mueve que disparen. Llegan a los dominios de los Na'vi, marcados con una especie de símbolo en forma de red de cañas y lianas y Miles lo destruye y lo arroja al barro.
Durante el primer viaje a bordo del Samson hay un escarceo entre Norm y Trudy donde Trudy le deja a Norm que manipule el Samson y sus manos se tocan; después de aterrizar, el primer punto de encuentro no son las raíces del árbol que pinchan sino la escuela de la doctora Grace, se ve una escuela abandonada con restos de un tiroteo, Grace menciona que los Na´vi aprendieron muy rápido el idioma y que no tenían más que aportarles porque habían aprendido todo de ellos. Jake pregunta por el tiroteo pero Grace elude la respuesta, creo que con lágrimas en los ojos.
En la cena en ÁrbolMadre hay escenas extendidas donde Eytukan comenta la necesidad de conocer más de Jake para saber cómo pueden echarlos, Jake cena con la tribu y con Neytiri mientras Neytiri se presenta, al principio le dice todo su nombre, uno largo, después acorta a Neytiri y lo dice de forma lenta, Jake lo repite, Jake comenta que a su madre le cae bien. Jake hace comentarios sobre la comida, Neytiri dice que ellos la llaman larvas de escarabajo, Jake se lo come sin chistar y dice que está muy bueno.
A la vuelta del viaje cuando Jake conoce a Neytiri, y cuando le están presentado a Jake en la estación las fotos de los personajes se menciona a la hermana de Neytiri, Jake dice no haberla conocido, y Grace o Max le dicen que está muerta, no se dan razones.
Cuando Jake aprende de Neytiri a cazar hay una primera vez que no le está permitido matar al animal.
Cuando se realiza el viaje a las montañas Aleluya para establecer la estación móvil y después de que Jake haya matado al animal, la primera vez que sale del enlace pilla a Norm y a Trudy enrollándose, y estos se tapan con una manta, de ahí posiblemente una de las razones por las que Norm cambie de actitud. Cuando Jake aparece cansado con barba, Grace comenta que debe alimentarse, que está perdiendo peso, él dice que ha comido carne de la que ha cazado y Grace comenta que debe alimentar su cuerpo real que es el más importante, Jake coge un cigarro de Grace y le dice que no es la más adecuada para dar lecciones. Durante esas escenas se produce la explicación de lo que pasó con la escuela, como la hermana de Neytiri había ido a la escuela a refugiarse después de haber quemado un bulldozer y que los hombres de Quaritch la matan delante de Neytiri. Jake también comenta en esos momentos que no puede tomarse tiempo libre porque tiene que subir al Iknimaya
Escena en el río, Jake, Neytiri y otros cazadores sobrevuelan algunos animales en el río, aparece un cazador montado a "caballo" y dispara una lanza,y Jake dispara su flecha y hace blanco, Neytiri y Jake se miran y sonríen, a su lado más arriba está T'sutey al que mira y le devuelve el saludo con signo de admiración.
Escena en ArbolMadre celebrando la caza, se bebe se comen grandes costillas, se representa con las manos la caza alrededor de una hoguera, Norm baila también. Hay una conversación de T'sutey y Jake donde T'sutey duda de la bravura de los hombres del cielo, en ese momento Neytiri se acerca y coge a Jake y se lo lleva a bailar, T'sutey mira conforme se alejan, su cara se oscurece y se llena de odio. Jake levanta a Grace también. Jake y Neytiri se miran mientras los demás bailan, hay un momento de conexión, unas jóvenes comentan el momento mientras Mo'at y Eytukan se fijan en ellos también, Mo'at comenta que no pueden dejar que germine la semilla del amor entre ellos, que el sitio de Neytiri es estar con T'sutey. Esta escena conecta justamente con el momento en que Neytiri bebe de unos pétalos y se habla de la conexión con el bosque y todas las escenas posteriores.
Escena de vuelta en la base general con Jake, Grace y Selfridge, en el exterior, Grace pide más tiempo, Parker no se lo da, después de esta escena se conecta con la escena de Jake y Quaritch en el interior cuando dice "No te estarás perdiendo en el bosque, verdad hijo?"
Escena en montañas Aleluya entre Jake, Grace y Norm, discuten, Jake dice que tiene que ser uno de ellos, de los omaticaya, Grace dice que no lo será nunca, discuten sobre los problemas de decirle la verdad a Quaritch o a Neytiri, está en un callejón sin salida, haga lo que haga perderá a Neytiri. Jake les explica que ni siquiera tienen una palabra para definir mentira, que la aprendieron de ellos. Se acerca el momento de la caza en sueños, Jake comenta que Mo'at le ha dicho que no pasará esa prueba. Grace se va con Jake, como avatares.
Se preparan para el ritual de la caza en sueños en el poblado, entre otras cosas eytukan saca el equivalente a un escorpión y lo deposita en la espalda de Jake, el escorpión inyecta su veneno en Jake, Jake siente sus efectos, tiene visiones entre ellas la de un Leonopteryx que le hace sombra, entre los efectos del veneno y todas sus visiones se ve de repente encima de la bestia, es una escena bastante extensa llena de visiones, donde estas visiones se alternan con la imagen del avatar de Jake retorciéndose, de repente se despierta. Grace está aliviada, Jake mira los huesos del Leonopteryx del poblado y enlazamos con la imagen de la película donde Eytukan está diciendo que Jake es uno más de los omaticaya, le vemos pintados de blanco.
Poco después cuando Jake y Neytiri se juntan hay una escena extendida, después de besarse Neytiri comenta que hay algo mejor, juegan con la coleta y la juntan, se produce la unión entre ellos. Yacen el en suelo, Jake le comenta a Neytiri que su verdadero cuerpo yace en otro lugar, Neytiri le dice que su cuerpo y alma son reales, que antes odiaba a todos los hombres del cielo pero que ella también ha aprendido durante el tiempo que ha estado enseñando a Jake, Neytiri le dice a Jake que están unidos para siempre, y jake sorprendido "Lo estamos?", Neytiri dice "Olvidé decírtelo, sí lo estamos". Desde esta escena saltamos a su despertar en su enlace, y desde aquí a la escena del bulldozer arrasando la selva con él dormido.
Durante la escena en la que Jake y Grace vuelven al poblado, antes de que los desconecte Quaritch por el incidente del Bulldozer, T'sutey hace hincapié en la promesa que le hicieron acerca de Neytiri, su madre Mo'at le advierte a Neytiri que no podrá ser T'sahik, Neytiri lo acepta afirmando que ya ha elegido.
Antes de que Quaritch llegue a las montañas Aleluya, Trudy avisa por radio desde el propio SAMSON que pilota y con Quaritch a bordo, de la llegada; como procedimiento estándar, pero Quaritch corta la comunicación con un tajante "Dije que me anunciaras?".
Mientras en el poblado hay un desafío entre T'sutey y Jake, una pelea comienza, vemos algunas de las escenas vistas en la película hasta que se enlaza con la escena donde Quaritch desconecta a Grace y después a Jake mientras todavía se está peleando con T'sutey, este último canta victoria.
Cuando Grace y Jake están atados cerca de ArbolMadre y los ve Quaritch desde el Dragón, este hace un comentario. "Parece que nos amenazan con cortarles el cuello si no nos retiramos, asegúrate de hacer una buena toma para el informe".
Cuando Quaritch moviliza a toda la base para arrasar el Arbol de las almas, Selfridge lo desautoriza pero Quaritch le argumenta que la situación es Codigo rojo y eso le da a él todo el poder. Selfridge le amenaza con hacer una llamada y Quaritch lo coge por el cuello hasta que Parker se achanta, militares lo alejan de Quaritch, Parker le dice que está despedido.
De vuelta al poblado, Jake explica cómo y donde atacar a los Escorpión (Helicóptero de ataque parecido al Samson) a los jinetes de Banshee 's, sobre un dibujo en una piel de animal.
Hay que comentar el mal doblaje de la película donde lo que se tradujo como ArbolMadre es ArbolHogar, el Arbol de las almas en versión original es, o bien el Pozo de las almas si se refieren a el lugar, o si se refieren al árbol en sí es Arbol madre.
La guerra tiene cambios, por ejemplo en el guión original las dos lanzaderas Valkiria iban a la guerra, y una de las cargas hacía explosión en el suelo dejando un crater. Wainfleet se pelea con un Thanator y no con un Titanoceronte,a T'sutey Wainfleet le corta la coleta, no muere al ser arrojado desde la Valkiria, porque no cae desde ella. La segunda Valkiria se retira advirtiendo que son la única forma de salir del planeta, Quaritch los obliga a continuar.
Después de que Jake tire las granadas al Dragon, este no se queda enganchado con el misil en la mano sino que termina cayendo, como lo hace con Neytiri, de hoja en hoja hasta que alcanza el suelo. Ahora es cuando Trudy, que todavía está viva, dispara sobre el Dragón de nuevo y cuando el Dragón la derriba con los misiles, Norm exclama No!!!!!! mientras Trudy le dirige un "Te quiero". El Samson termina estrellándose contra el Dragón y termina cayendo en la selva. El Dragón cae y se hunde en el río. Quaritch emerge desde el Dragón con la armadura. Después de acabar con Quaritch se dirigien a asistir a T'sutey que está moribundo, comenta que nunca podría montar de nuevo, ni unirse a su esposa, que ahora es él, Jake, el que deberá liderar al pueblo. T'sutey quiere morir y, como hiciera con el animal, Jake le da muerte, ha terminado el sufrimiento de T'sutey.