Pues así, a bulto, no sé a qué puede deberse tu problema, pero mi ordenador (que no era como el tuyo, era bastante antiguo) también hacía ruido al arrancar, que luego dejaba de hacer. Puede ser que la placa base esté sucia. Yo la limpié y dejó de hacer ruido. Es algo muy fácil que puedes hacer en casa (hablo de ordenadores de sobremesa): desenchufas el ordenador completamente, con un destornillador aflojas los tornillos de la carcasa para quitarla, y luego coges un aspirador, y, a baja potencia, vas aspirando con cuidado la placa base y sus componentes. Después no hay sino que volver a montar la carcasa y enchufarlo de nuevo.