Ciñendonos sólo a lo que se muestra en la pantalla, el space jockey es solo un ingeniero más. Hemos visto Covenant cómo su asiento está situado en la sala de control, rodeado de capsulas de hipersueño, y como el único ingeniero superviviente, activa ese asiento, se pone el casco, y sentado en la silla pilota la nave, poniendo rumbo a la Tierra.
La diferencia de escalas no tiene por qué estar justificada, ni siquiera tiene por qué ser un factor. Hay coches con diferentes modelos y tamaños de asientos, puede suceder lo mismo con las naves de los ingenieros. Y de hecho, esa diferencia yo me la explico sencillamente como un ajuste a las necesidades del guión, ya que una vez que los ingenieros se convierten en personajes, ha de ser posible hacerles interactuar con humanos. El problema de las escalas ni se planteaba en 1979
Si luego ya algun autor de novelas o comics... o blogero o youtuber, se quiere subir a la parra e hilvanar otras cosas, adelante. Pero en el canon, la silla del space jockey es solo un puesto de control en el puente, manejable por cualquiera.