No tiene ninguna lógica que primero fueran los xenomorfos y de estos surgieran los ingenieros, un ser más refinado e inteligente.
Los ingenieros utilizan su ADN para crear al hombre y también al xenomorfo, igual que los bichos del templo en Prometheus mutaban al contacto con la sustancia.
Los aliens llevan código genético del ingeniero, igual que el ser humano, pero en el alien está muy alterado, por eso la criatura final lleva características de ambas especies.
Aunque no hay nada oficial al respecto, es la teoría aceptada allá donde he buscado información.