Bueno, mis respuestas serían:
pregunta 1: En alien se ve como Brett encuentra el pellejo del chestbuster(revientapechos), indicando que ha mudado de piel y creciendo rápidamente, supongo que ha base de una mutación forzada por los ingenieros.
Pregunta 2: Lo de Ash y la compañía siempre ha sido algo ambiguo, cosa que parece que están intentando aclarar con la saga Prometheus, antes de esta, podría entenderse que la compañía está obligada a encontrar formas de vida a cualquier precio, en el caso de Ash, reemplazó al último oficial, así que cuando meten a un androide es que la compañía tiene planeado la ''parada in situ'' al haber detectado algo, con las películas de Prometheus queda patente que la compañía ya le tenía echado el ojo a ese sistema e iba a por los huevos, de hecho, en Alien, las expresiones de Ash denotan que sabe lo que va a pasar, no entiendo como la trama de los ingenieros y el conocimiento de estos y de los aliens por la compañía fuese desechada en las secuelas, Cameron la dejó en el aire haciendo ''su película''(que le salió muy bien), y en las siguientes lo olvidaron por completo.