os dejo aqui dos posibilidades por si alguien con el tiempo sigue con el problema:

1) Meter los ficheros .vob en un mkv (con lo cual no se pierde nada de calidad), con lo cual añadir los subtitulos es muy sencillo (renombrando los subtitulos al mismo nombre que tenga el mkv resultante). Para la conversión a mkv (muy rápida) podeis utilizar el programa "make mkv".

2) Seguir los pasos de esta guia: http://forum.videohelp.com/threads/2...n-existing-DVD

A mi con el tiempo, me ha acabado resultando mucho mejor el primer sistema, ya que el segundo es muy laborioso y lento.

Saludos.