Eso dependerá del juego. La mayoría graban las partidas en la tarjeta, pero puede haber otros datos adicionales que se graben en la SD (ej.: fotos, actualizaciones, DLCs...).

Ej: Un día que no tenía batería en mi 3DS principal cogí una de las otras para jugar al Mario Kart online y primero me tuve que descargar el parche en esa consola..., aunque todo el contenido desbloqueado seguía allí...